فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                              صفحه

خلاصه فارسی ………………………………………………………………………………………………………………………………………. 1

فصل اول: کلیات

1-1. بیان مسئله ………………………………………………………………………………………………………………………………………… 3

1-2. تاریخچه بیماری سیاه سرفه …………………………………………………………………………………………………………….. 4

1-3. باکتریولوژی…………………………………………………………………………………………………………………………………………. 7

1-4. ترکیبات مهم باکتری سیاه سرفه …………………………………………………………………………………………………. 10

1-4-1. توکسین پرتوسیس…………………………………………………………………………………………………………………….. 10

1-4-2. فیلامنتوس هموگلوتینین (FHA)………………………………………………………………………………………….. 12

1-4-3. فیمبریه و آگلوتینین ها…………………………………………………………………………………………………………….. 13

1-4-4. پرتکتین………………………………………………………………………………………………………………………………………. 15

1-4-5. آدنیلات سیکلاز (ACT)…………………………………………………………………………………………………………. 16

1-4-6. تراکئال سایتو توکسین (TCT)………………………………………………………………………………………………. 17

1-4-7. توکسین حساس به حرارت……………………………………………………………………………………………………….. 18

1-4-8. BrKA………………………………………………………………………………………………………………………………………. 18

1-4-9. اندوتوکسین………………………………………………………………………………………………………………………………… 19

1-5. سویه های بوردتلا پرتوسیس ………………………………………………………………………………………………………… 19

1-6. اپیدمیولوژی ……………………………………………………………………………………………………………………………………. 20

1-6-1. وضعیت بیماری در ایران……………………………………………………………………………………………………………. 21

1-7. بیماری زایی سیاه سرفه  ………………………………………………………………………………………………………………. 21

1-8. علائم کلینیکی ………………………………………………………………………………………………………………………………. 22

1-9. تشخیص بیماری …………………………………………………………………………………………………………………………….. 23

1-9-1. تشخیص بالینی………………………………………………………………………………………………………………………….. 23

1-9-2. علائم کلینیکی در نوزادان…………………………………………………………………………………………………………. 24

1-9-3. کودکان، نوجوانان و بزرگسالان………………………………………………………………………………………………….. 25

1-10. پاسخ ایمنی در برابر سیاه سرفه ………………………………………………………………………………………………… 26

1-10-1. پاسخ ایمنی همورال………………………………………………………………………………………………………………… 27

1-10-2. پاسخ ایمنی سلولی…………………………………………………………………………………………………………………. 28

1-11. روش های آزمایشگاهی تشخیص………………………………………………………………………………………………… 30

1-11-1. کشت………………………………………………………………………………………………………………………………………… 30

1-11-2. سرولوژی………………………………………………………………………………………………………………………………….. 30

1-11-3. PCR …………………………………………………………………………………………………………………………………….. 32

1-12. مدیریت بیماری…………………………………………………………………………………………………………………………….. 33

1-13. پیشگیری …………………………………………………………………………………………………………………………………….. 34

1-13-1. راهبردهای بالقوه در مهار بیماری سیاه سرفه در اوایل نوزادی……………………………………………. 35

1-13-1-1. واکسیناسیون بالغین و سالمندان……………………………………………………………………………………… 37

1-13-1-2. حفاظت غیرمستقیم نوزادان از طریق واکسیناسیون والدین………………………………………….. 37

1-13-1-3. ایمن سازی نوزادان و کودکان…………………………………………………………………………………………… 38

1-13-1-4. واکسیناسیون مادر در دوران بارداری……………………………………………………………………………….. 38

1-14. استراتژی های واکسن………………………………………………………………………………………………………………….. 39

1-14-1. واکسن غیر سلولی سیاه سرفه………………………………………………………………………………………………. 39

1-14-2. واکسن سلولی سیاه سرفه………………………………………………………………………………………………………. 40

فصل دوم: مروری بر متون گذشته

2-1. تاریخچه تولید واکسن سیاه سرفه…………………………………………………………………………………………………. 42

2-1-1. تعریف تست كنترل سمیت زدایی (MWGT) ……………………………………………………………………. 43

2-1-2. تعریف تست حفاظتی داخل مغزی موش (تست توانمندی Potency test) …………………… 44

2-1-3. ابداع روش کشت……………………………………………………………………………………………………………………….. 44

2-1-4. جداسازی سلول باکتری از کشت……………………………………………………………………………………………… 45

2-2. تاریخچه تولید واکسن سیاه سرفه در انستیتو رازی…………………………………………………………………….. 46

2-3. غیرفعال سازی سوسپانسیون سلولی باکتری سیاه سرفه…………………………………………………………….. 47

2-3-1. استفاده از فرمالین و تیومرسال برای سمیت زدایی سوسپانسیون سلولی سیاه سرفه…………. 47

2-3-2. استفاده از گلوتار آلدهید برای سمیت زدایی سوسپانسیون سلولی سیاه سرفه……………………. 49

2-3-3. استفاده از حرارت برای سمیت زدایی سوسپانسیون سلولی سیاه سرفه……………………………….. 49

فصل سوم: مواد و روش ها

3-1. تجهیزات و وسایل ………………………………………………………………………………………………………………………….. 51

3-2. مواد و محیط ها ……………………………………………………………………………………………………………………………… 52

3-2-1. محیط کشت آگار بورده ژانگو……………………………………………………………………………………………………. 52

3-2-2. محیط کشت وِروِی…………………………………………………………………………………………………………………….. 53

3-2-3. محیط B2…………………………………………………………………………………………………………………………………… 54

3-2-4. محیط کشت سویابین کازئین…………………………………………………………………………………………………… 54

3-2-5. محیط تیوگلیکولات براث………………………………………………………………………………………………………….. 55

3-3. روش کار …………………………………………………………………………………………………………………………………………. 56

3-3-1. انتخاب سویه های بوردتلا پرتوسیس……………………………………………………………………………………….. 56

3-3-1-1. لیوفیلیزه کردن……………………………………………………………………………………………………………………… 56

3-3-2. کشت باکتری سیاه سرفه………………………………………………………………………………………………………….. 56

3-3-2-1. کشت تجدید حیات روی محیط بورده ژانگو………………………………………………………………………. 56

3-3-2-2. کشت بذر روی محیط وِروِی………………………………………………………………………………………………… 57

3-3-2-3. مراحل انجام کشت فرمانتوری باکتری سیاه سرفه…………………………………………………………….. 57

3-3-2-3-1. استریلیزاسیون فرمانتور…………………………………………………………………………………………………… 57

3-3-2-3-2. آماده سازی و بهینه سازی محیط کشت فرمانتوری……………………………………………………… 58

3-3-2-3-3. تلقیح بذر به محیط کشت در فرمانتور…………………………………………………………………………… 58

3-3-3. جداسازی باکتری سیاه سرفه از محیط کشت…………………………………………………………………………. 59

3-3-3-1. جداسازی سلول باکتری با بهره گرفتن از سانتریفوژ…………………………………………………………………. 59

3-3-3-2. جداسازی سلول باکتری با بهره گرفتن از سیستم میکرو فیلتراسیون……………………………………. 59

3-3-4. غیرفعال سازی سلول باکتری سیاه سرفه………………………………………………………………………………… 60

3-3-5. سمیت زدایی سوسپانسیون باکتری سیاه سرفه………………………………………………………………………. 60

3-3-5-1. سمیت زدایی با بهره گرفتن از فرمالین……………………………………………………………………………………… 61

3-3-5-2. سمیت زدایی با بهره گرفتن از تیومرسال………………………………………………………………………………….. 61

3-3-6. تست های کنترلی سوسپانسیون سیاه سرفه…………………………………………………………………………… 61

3-3-6-1. تست استریلیتی……………………………………………………………………………………………………………………. 61

3-3-6-2. تست کنترل غیرفعال بودن باكتری…………………………………………………………………………………….. 62

3-3-6-3. تست کنترل سمیت زدایی (MWGT) …………………………………………………………………………… 62

3-3-6-4. تست توانمندی……………………………………………………………………………………………………………………… 62

فصل چهارم: نتایج

4-1. تجدید حیات بذر بر روی محیط بورده ژانگو………………………………………………………………………………… 64

4-2. تهیه بذر در محیط وِروِی……………………………………………………………………………………………………………….. 64

4-3. کشت فرمانتوری باکتری سیاه سرفه برای تولید واکسن……………………………………………………………… 64

4-4. جداسازی باکتری سیاه سرفه از کشت………………………………………………………………………………………….. 67

4-5. غیرفعال سازی و سمیت زدایی باکتری سیاه سرفه برای تولید واکسن……………………………………… 69

4-5-1. سمیت زدایی با فرمالین…………………………………………………………………………………………………………….. 69

4-5-2. سمیت زدایی با تیومرسال…………………………………………………………………………………………………………. 69

4-6. آزمایش های کنترلی سوسپانسیون های سیاه سرفه……………………………………………………………………. 69

4-7. نتایج حاصل از آزمون MWG در کنترل توکسیسیتی سوسپانسیون های سلولی سیاه سرفه

سمیت زدایی شده با فرمالین و تیومرسال…………………………………………………………………………………………….. 72

4-8. آزمون MWG و مقایسه تغییرات اوزان موش ها……………………………………………………………………….. 75

4-9. تست توانمندی واکسن های آزمایشی سیاه سرفه……………………………………………………………………….. 80

فصل پنجم: بحث و پیشنهادات

بحث ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 83

نتیجه گیری و پیشنهادات ………………………………………………………………………………………………………………………. 88

منابع………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 89

خلاصه انگلیسی ……………………………………………………………………………………………………………………………………. 97

ضمایم ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 98

 فهرست جداول

عنوان                                                                                                                             صفحه

جدول1-1. آنتی ژن های مختلف سیاه سرفه…………………………………………………………………………………………… 9

جدول1-2. علائم کلینیکی بیماری سیاه سرفه……………………………………………………………………………………… 26

جدول1-3. آنتی بیوتیک های مورد استفاده در درمان سیاه سرفه حاد و رژیم مصرف آن……………….. 34

جدول1-4. واکسیناسیون سیاه سرفه در کشورهای مختلف…………………………………………………………………. 36

جدول2-1. ترکیب محیط لیستر و B2  بر اساس گرم در لیتر…………………………………………………………….. 45

جدول3-1. لیست دستگاه ها و تجهیزات مورد استفاده………………………………………………………………………… 51

جدول3-2. لیست مواد و محیط های مورد استفاده در تولید واکسن سیاه سرفه………………………………. 52

جدول3-3. ترکیبات محیط بورده ژانگو………………………………………………………………………………………………….. 53

جدول3-4. ترکیبات محیط کشت وِروِی………………………………………………………………………………………………… 53

جدول3-5. ترکیبات محیط کشت B2…………………………………………………………………………………………………… 54

جدول3-6. ترکیبات محیط کشت سویابین کازئین………………………………………………………………………………. 55

جدول4-1. اطلاعات دوره كشت باكتری سیاه سرفه برای تولید واكسن…………………………………………….. 68

جدول4-2. نتایج حاصل از انجام آزمایش های غیرفعال سازی و استریلیتی سوسپانسیون های باكتری  سیاه سرفه سمیت  زدایی شده با فرمالین……………………………………………………………………………………………………………………………….. 70

جدول4-3. نتایج حاصل از انجام آزمایش های غیرفعال سازی و استریلیتی سوسپانسیون های باكتری  سیاه سرفه سمیت  زدایی شده با تیومرسال…………………………………………………………………………………………………………………………….. 71

جدول4-4. نتایج حاصل از کنترل توکسیسیتی سوسپانسیون های سمیت زدایی شده با فرمالین و تیومرسال با بهره گرفتن از آزمون MWG………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 73

جدول4-5. نتایج كنترل توکسیسیتی سوسپانسیون های سمیت زدایی شده با فرمالین با بهره گرفتن از آزمون MWG   76

جدول4-6. نتایج كنترل توکسیسیتی سوسپانسیون های سمیت زدایی شده با تیومرسال با بهره گرفتن از آزمون MWG 77

جدول4-7. نتایج حاصل از انجام تست توانمندی برای شش واکسن تجربی سمیت زدایی شده با فرمالین (FDV)     80

جدول4-8. نتایج حاصل از انجام تست توانمندی برای شش واکسن تجربی سمیت زدایی شده با تیومرسال (TDV)  81

 فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                                صفحه

نمودار1-1. مقایسه تعداد افراد زیر یک سال ایمن شده با واکسن DTP در سه کشور مختلف در سال

2000 تا 2010 ………………………………………………………………………………………………………………………………………. 6

نمودار4-1. تغییرات pH کشت سویه 134 از باکتری سیاه سرفه در طول دوره رشد درفرمانتور….. 65

نمودار4-2. تغییرات pH کشت سویه 509 از باکتری سیاه سرفه در طول دوره رشد درفرمانتور….. 65

نمودار4-3. مقایسه­ میانگین جذب نوری در طول موج های530 و590 در مقدار جرم  باكتری در هنگام برداشت در بچ های مختلف سویه 134 و 509……………………………………………………………………………………………………………… 66

نمودار4-4. مقدار غلظت نهایی باكتری سیاه سرفه (cell109×1) سویه 134 در پایان دوره كشت در هنگام برداشت   66

نمودار4-5. مقدار غلظت نهایی باكتری سیاه سرفه (cell109×1) سویه 509 در پایان دوره كشت در هنگام برداشت   67

نمودار4-6. مقایسه دوره ی سمیت زدایی سوسپانسیون های سلولی سیاه سرفه  سویه 134  توسط  فرمالین و تیومرسال با بهره گرفتن از تست MWG ……………………………………………………………………………………………………………………….. 74

نمودار4-7. مقایسه دوره ی سمیت زدایی سوسپانسیون های سلولی  سیاه سرفه در سویه 509 توسط فرمالین و تیومرسال با بهره گرفتن از تست  MWG……………………………………………………………………………………………………………………….. 74

نمودار4-8. مقایسه اختلاف وزن موش های تزریق شده با واكسن تجربی سمیت زدایی شده با فرمالین نسبت به تیومرسال در سویه 134……………………………………………………………………………………………………………………………………………. 78

نمودار4-9. مقایسه اختلاف وزن موش های تزریق شده با واكسن تجربی سمیت زدایی شده با فرمالین

نسبت به تیومرسال در سویه  509………………………………………………………………………………………………………. 78

نمودار4-10. مقایسه اختلاف وزن موش های تزریق شده با سوسپانسیون های سمیت زدایی شده سویه 134 با تیومرسال و فرمالین نسبت به موش های گروه كنترل……………………………………………………………………………………………….. 79

نمودار4-11. مقایسه اختلاف وزن موش های تزریق شده توسط واكسن سیاه سرفه حاصل از سمیت­

زدایی با فرمالین وتیومرسال در سمیت زدایی درسوش509 توسط تست MWG ……………………….. 79

نمودار4-12. مقایسه نتایج حاصل از توانمندی واكسن های تجربی سمیت زدایی شده با فرمالین (FDV) با واكسن های تجربی سمیت زدایی شده با تیومرسال((TDV …………………………………………………………………………………… 81

       فهرست اشكال

عنوان                                                                                                                               صفحه

شكل1-1. كوكوباسیل سیاه سرفه……………………………………………………………………………………………………………… 7

شكل1-2. اتصال بوردتلا پرتوسیس به سلول های پوشش مژه دار مجاری تنفسی……………………………….. 9

شكل1-3. شمای شماتیک از پرتوسیس توكسین…………………………………………………………………………………. 11

شكل3-1. فرمانتور استفاده شده برای كشت سیاه سرفه……………………………………………………………………… 58

خلاصه فارسی

سیاه سرفه بیماری عفونی باكتریال دستگاه تنفس است كه عامل آن بوردتلا پرتوسیس از دسته باكتری های گرم منفی می باشد.  در این مطالعه شش بچ از سویه های 134 و 509 باكتری سیاه سرفه تهیه شده و مورد مقایسه قرار گرفتند. از دو روش فیزیكی سانتریفوژ و میكروفیلتراسیون برای جداسازی سلول باكتری از محیط كشت استفاده گردید. سپس سلول­های جداسازی شده باكتری درPBS  خنك و استریل در غلظت متوسط Ou/ml 150-100 حل شده و به دو قسمت تحت نام­های سوسپانسیون سمیت­زدایی با فرمالین (FD) و سوسپانسیون سمیت زدایی با تیومرسال (TD) تقسیم شدند. به سوسپانسیون هایFD  بعد از غیرفعال سازی در حرارت 56 درجه سانتیگراد بمدت 10 دقیقهmM  10فرمالین (7/37 %) اضافه گردید و به سوسپانسیون هایTD  در شرایط مشابه، بعد از غیرفعال سازی با حرارت، w/v 01/0 % تیومرسال بصورت محلول اضافه شد. سپس هر دو سوسپانسیون در دمای 8-4 درجه سانتیگراد برای سمیت زدایی انكوبه شدند. در روزهای 10، 30، 90، 180 و 270 از هر دو نوع سوسپانسیون نمونه برداری شد تا سمیت آنها با انجام تست افزایش وزن موش (MWG) مورد ارزیابی قرار گیرد. در نهایت نیز شش واكسن آزمایشی FD وTD  از مخلوط كردن غلظت های مشابه دو سویه 134 و 509 تهیه گردید تا بتوان توانمندی این واكسن ها را در تست حفاظتی موش با تستKendrick  ارزیابی نمود. نتایج حاكی از آن بود كه روش سمیت زدایی با فرمالین با میانگین دوره  6/26 روز در مقایسه با روش سمیت زدایی با تیومرسال با میانگین دوره 195 روز، روش كوتاهتری از نظر زمانی برای سمیت زدایی سوسپانسیون سلولی سیاه سرفه است. توانمندی واكسن تجربی حاصل از سمیت زدایی با فرمالین با میانگین 9/5 از واكسن تجربی حاصل از سمیت زدایی با تیومرسال با میانگین 95/5 قدری كاهش را نشان داده است. براساس نتایج حاصل، فرمالین با كاهش دوره سمیت زدایی در درجه حرارت 8-4 درجه سانتیگراد بمیزان 5/7 برابر

با توجه به این که امروزه توانمندسازی به یکی از مفاهیم اصلی توسعه پایدار تبدیل شده است و رابطه آن با توسعه پایدار به شکلی است که یا از اجزای آن یا عامل آن و یا معلول توسعه پایدار به حساب می­آید، لذا دستیابی به توسعه پایدار بدون توانمندسازی اقشار ضعیف جامعه امکان­ پذیر نیست. با توجه به اهمیت موضوع، در این تحقیق تلاش گردیده است تا با تحلیل فضایی، موانع و محدودیت­های توانمندسازی اقتصادی و اجتماعی خانوارهای روستایی تحت پوشش کمیته امداد سیستان مورد کنکاش قرار گیرد. جامعه آماری تحقیق شامل روستاهای با بیش از 50 خانوار تحت پوشش کمیته امداد می باشد که با بهره گرفتن از فرمول کوکران 40 روستا به عنوان حجم نمونه محاسبه گردید. روش تحقیق حاضر، توصیفی – تحلیلی و مبتنی بر بررسی منابع اسنادی، بررسی­های میدانی و تکمیل پرسشنامه بوده است. در تجزیه و تحلیل اطلاعات، از مدل تحلیل سلسله مراتبی (AHP) با کمک نرم­افزار Expert Choice و تحلیل­های فضایی و آماری از طریق نرم افزارهایArcGIS و SPSS استفاده شده است. نتایج حاصل از تحقیق بر اساس آزمون ANOVA نشان داد که وابستگی به آب رودخانه هیرمند با میانگین 5020/0، مشکلات سازمانی با میانگین 4900/0، ویژگی­های شخصیتی و فردی سرپرست خانواده با میانگین 4365/0 و مشارکت با میانگین 4179/0 بعنوان بالاترین عوامل در موانع یا محدودیت­های توانمندسازی اقتصادی و اجتماعی خانوارهای تحت پوشش کمیته امداد شناخته شد. در همین راستا، دیگر نتایج تحقیق حاکی از آن است که بر اساس تحلیل های آماری، بین شدت اثرات موانع یا محدودیت­های اقتصادی و اجتماعی خانوارهای ساکن در روستاهای مرزی با سایر روستاهای سیستان اختلاف معناداری وجود دارد.

کلید واژه ­ها: خانوارهای تحت پوشش کمیته امداد، روستا، توانمندسازی، تحلیل فضایی، سیستان.

 فصل اول: مقدمه و کلیات تحقیق

1-6-1- مطالعات خارجی.. 9

1-6-2- مطالعات داخلی.. 11

فصل دوم: مبانی نظری تحقیق

2-1-1- فضا 15

2-1-2- مکان در ارتباط با فضا 16

2-1-3- سازمان فضایی.. 17

2-1-4- توانمندسازی.. 17

2-1-5- مشاركت… 19

2-1-6- توانمندسازی و بهسازی مشاركتی.. 22

2-1-7- فقر و محرومیت اقتصاد. 22

2-1-8- كارآفرینی روستایی.. 23

2-1-9- توسعه. 23

2-2-1- تاریخچه و مبانی نظری مطالعات فقر. 26

2-2-2- دیدگاه های مرتبط با کارآفرینی.. 30

2-2-3- دیدگاه جامعه شناختی و جمعیت شناختی.. 30

2-2-4- دیدگاه روانشناختی.. 31

2-2-5- دیدگاه اقتصادی (کارآفرینی درون تئوری اقتصادی) 31

2-2-6- دیدگاه توسعه ای و محیطی.. 33

2-2-7- دیدگاه نهادی.. 33

2-3-1- دیدگاه روانشناختی.. 34

2-3-2- دیدگاه جامعه شناختی.. 34

2-3-3- دیدگاه علوم سیاسی.. 35

2-4-1- رویکردهای نظری توانمندسازی.. 36

2-4-2- فرایند توانمندسازی.. 37

2-4-3- چارچوب توانمندسازی.. 38

2-4-4- حوزه های توانمندسازی مددجویان.. 40

2-4-5- ساماندهی افراد و ایجاد تشکل.. 42

2-4-6- رویكردهای سازمانی.. 43

2-4-7- نظریه های گونه ی اول. 44

2-4-8- نظریه های گونه ی دوم. 45

2-4-9- نظریه های گونه ی سوم. 45

2-4-10- نظریه های گونه ی چهارم. 45

2-4-11- نوع شناسی کمیته امداد امام خمینی (ره) 46

2-4-12- اهمیت موضوع توانمندسازی در کمیته امداد امام خمینی (ره) 48

2-4-13- جایگاه کمیته امداد در توانمندسازی مددجویان تحت پوشش این نهاد. 49

2-4-14- توانمندسازی مددجویان.. 50

2-4-15- عوامل موثر بر توانمندسازی خانواده های تحت حمایت کمیته امداد. 51

فصل سوم: مواد و روش ها

3-1-1- موقعیت، حدود و وسعت منطقه مورد مطالعه. 56

3-1-2- توپوگرافی و ژئومورفولوژی.. 58

3-1-3- اقلیم. 59

3-1-4- منابع آب.. 64

3-2-1- جمعیّت و ویژگیهای آن.. 70

3-4-1- روش پژوهش…. 76

3-4-2- جامعه آماری و تعداد نمونه. 77

3-4-3- شاخصهای تحقیق.. 80

3-4-4- روش و ابزار گردآوری داده ها و اطلاعات.. 83

3-4-5- شیوه تجزیه و تحلیل داده‎ها 83

3-4-6- مدل تصمیم‎گیری چند شاخصه (MCDM) 84

3-4-7- فرایند تحلیل سلسله مراتبی (AHP) 86

3-4-8- روایی و پایایی ابزار تحقیق.. 90

فصل چهارم: یافته­ های تحقیق

4-1-1- وضعیت سنی پاسخگویان.. 94

4-1-2- وضعیت جنسی.. 96

4-3-1- وضعیت سواد. 96

4-2-1- علل قرار گرفتن تحت پوشش کمیته امداد. 98

4-2-2- روند تغییرات خانوارهای تحت پوشش کمیته امداد. 99

4-3-3- شدت اثرات موانع یا محدودیتهای مطرح در توانمندسازی خانوارهای روستایی………………………..103

فصل پنجم: جمع­بندی و نتیجه گیری

فصل ششم: فهرست منابع

1-6- منابع ……………………………………………………………………………………………………………………………….121

1- مقدمه

فقر به عنوان یكی از مباحث مهم در ادبیات توسعه مطرح و زدودن فقر از یک جامعه یكی از اهداف اصلی توسعه­ اقتصادی است (خالدی و پرمه، 1384: 57). بانک جهانی دلایل فقر اقتصاد روستایی را در عواملی چون پایین بودن میزان درآمد سرانه، بازدهی كم زمین و فرصت­های محدود شغلی بر شمرده­اند و دلایل فقر اجتماعی روستایی را در سطح پایین سواد و بالا بودن بعد خانوار كه خود كاهش پس­انداز و صرف هزینه هنگفت برای بهداشت، آموزش، مصرف غذایی و مسكن را به دنبال دارد می­داند (رحیمی­سوره و رضوی، 1375: 281). بنابراین تامین رفاه اجتماعی از جمله مهم­ترین اهداف هر نظام اقتصادی است و فراهم نمودن شرایط مناسب برای زندگی تمامی اقشار جامعه وظیفه­ی اصلی كارگزاران و مسئولان اقتصادی كشور تلقی می­ شود. از این روست كه تغییر در رفاه اجتماعی یا هم زمان با آن تغییر در فقر از جمله زمینه ­های ارزیابی نظام­های اقتصادی به شمار می ­آید (فرج­زاده،1382: 10).

یكی از مهم­ترین اهداف تشکیل دولت­ها فراهم ساختن رفاه و توسعه برای جامعه است. فرایند توسعه همواره كنش دولت را در بر دارد. در نوشتارهای توسعه كشورهای جهان سوم، در مورد اهمیت دولت برای پیشبرد فرایند توسعه توافق كلی وجود دارد و به عنوان یكی از نیروهایی تلقی می­ شود كه نقش زیادی در فرایندهای تغییر این جوامع، از جمله در زمینه تغییر روستایی ایفا می­كند (دوفومیه، 1373: 18). از این رو ماهیت دولت­ها، فلسفه سیاسی و ایدئولوژیكی و ساختار آنها نقش اساسی در فرایند توسعه و از جمله توسعه روستایی دارد (شكوری، 1384: 51).

توسعه روستایی، از برنامه ­های توسعه هر كشور به شمار می­رود كه برای دگرگون­سازی ساخت اقتصادی- اجتماعی جامعه روستایی به كار می­رود. این برنامه­ها توسط دولت و كارگزاران آن، در مناطق روستایی به اجرا در می­آیند. دولت­ها برای دستیابی به این اهداف از ابزارهای مختلف و متفاوتی استفاده می كنند كه این موضوع در مورد دولت ایران نیز مصداق دارد.

در ایران دولت به منظور دستیابی به توسعه روستایی از ابزارهای مختلف استفاده كرده و اقدامات متعددی را به مرحله اجرا درآورده است. از جمله این اقدامات پس از انقلاب می­توان تشکیل نهادهایی همچون جهاد سازندگی، بنیاد مسکن انقلاب اسلامی و کمیته امداد امام خمینی را نام برد. هدف از ایجاد این نهادها عمران، آبادانی مناطق عقب مانده از توسعه و کمک به اقشار محروم جامعه علی­الخصوص نقاط روستایی فاقد امکانات بود.

در این میان کمیته امداد به عنوان نهادی شناخته می­ شود که به توانمندسازی خانوارهای محروم و آسیب­پذیر جامعه چه در نقاط شهری و چه روستایی می ­پردازد و نقش آن در مناطق روستایی با توجه به ماهیت اقتصادی- اجتماعی این نقاط پر رنگ­تر است.

با توجه به اهمیت موضوع در این پایان نامه تلاش بر این است تا موانع و محدودیت­های توانمندسازی اقتصادی و اجتماعی خانوارهای روستایی تحت پوشش کمیته امداد مورد بررسی قرار گیرد تا در نهایت راه­کار­های مناسب جهت تقویت و توانمندسازی این قشر از جامعه ارائه گردد. این پژوهش در قالب پنج فصل سازمان یافته است که:

در فصل اول؛ چارچوب پژوهش همراه با طرح مساله، ضرورت و اهداف پژوهش، فرضیات پژوهش و برخی از تجربیات گذشته در قالب پیشینه پژوهش بیان گردیده است.

در فصل دوم؛ مباحث نظری پژوهش پیرامون موضوع تحقیق در قالب نظریات و دیدگاه ­ها مورد بررسی قرار گرفته است.

در فصل سوم؛ متدولوژی و روش­های مورد استفاده در پژوهش و همچنین منطقه مطالعاتی از جنبه­ های طبیعی و انسانی مورد بررسی قرار گرفته و چشم­انداز وضع موجود ترسیم و بیان گردیده است.

فهرست مطالب

عنوان                                                                 صفحه

فصل اول: مقدمه ..1

مقدمه: 2

فصل دوم: کلیات و مروری بر مطالعات گذشته….8

2-1- تاریخچه. 9

2-2- طبقه بندی.. 15

2-3- ساختمان ویریون. 16

2-4- ساختمان و سازماندهی ژنوم. 16

2-5- تکثیر ویروس… 18

2-5-1- اتصال ورود ، پوشش برداری.. 19

2-5-2- پروموترهای ویروسی و تنظیم نسخه برداری.. 19

2-5-3 – سرهم بندی و رها شدن ویروس… 21

2-5-4- همانند سازی DNA ویروس… 21

2-6- الحاق DNA ویروسی در ژنوم انسان. 23

2-7- پروتئین های ویروسی.. 24

2-7-1- پروتئین های اولیه E1 تا E6.. 24

2-7-2- پروتئین E7.. 25

2-7-3- پروتئین های L1 و L2.. 28

2-8- تیپ بندی پاپیلوماویروس ها 29

2-9- بیماری زایی.. 29

2-9-1- عفونت پوستی.. 30

2-9-2- عفونت حفره دهانی.. 31

2-9-3- عفونت مجاری تنفسی.. 31

2-9-4- سرطان مقعد. 31

2-9-5- سرطان گردن رحم. 32

2-9-6- HPV در کودکان. 34

2-10- اپیدمیولوژی.. 35

2-11- مطالعه سرطان گردن رحم و عفونت پاپیلوماویروس در ایران. 37

2-12- تشخیص…. 38

2-13- پاسخ ایمنی در برابر HPV.. 40

2-13-1- ایمنی اختصاصی.. 41

2-13-1- 1- پاسخ ایمنی هومورال. 41

2-13-1-2- پاسخ ایمنی سلولی.. 42

2-13-2-پاسخ ایمنی ذاتی.. 43

2-14-  درمان. 44

2-15- پیشگیری.. 45

2-16- واکسیناسیون. 46

2-17- واکسیناسیون علیه HPV.. 47

2-17-1- واکسن های نوترکیب با ناقل زنده 50

2-17-2-واکسن های پروتئینی و پپتیدی.. 51

2-17-3-ذرات شبه ویروس( VLPs). 52

2-17-4-  DNA واکسن ها 56

-5-17-2 واکسن های خوراکی.. 59

2-18- اهمیت پاسخ های ایمنی هومورال و واکسن های پیشگیری کننده 63

2-19- اهمیت پاسخ های ایمنی سلولی و واکسن های درمان کننده 64

2-20-ایمونوانفورماتیک در علم واکسن.. 65

2-20-1-ﭘﺎﯾﮕﺎه های داده ها (Databases) 68

2-20-1-1- پایگاه های داده اﯾﻤﻮﻧﻮﻣﯿﮏ… 68

2-20-1-2- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B.. 69

2-20-1-3- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلT.. 72

2-20-2-اﺑﺰارها و اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺘﻨﻮع ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ.. 73

2-20-2-1-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B.. 74

2-20-2-2-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﻣﯿﻞ ذاﺗﯽ آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪ. 75

2-20-2-3-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلB ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از روش های ﯾﺎدﮔﯿﺮی ﻣﺎﺷﯿﻦ.. 77

2-20-2-4-روش ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته ﺳﻠﻮل B.. 78

2-20-2-5-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺳﻠﻮل T.. 82

2-20-3- ﮐﺎرﺑﺮدهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ.. 83

2-21-واکسن همگانی (Universal vaccine) 84

2-22- واكسن سازی معكوس Reverse Vaccinology.. 84

2-23-ادجوانت ها 86

2-24-به دست آوردن قطعه DNA یاژن مورد نظر. 89

2-25-کلونینگ ژن. 90

2-25-1- مراحل کلون کردن ژن. 90

2-25-2- میزبان کلونینگ… 90

2-26- آنزیم های محدود کننده 91

2-26-1-آنزیم لیگاز. 91

2-27- حامل های کلونینگ… 91

2-28-غربالگری وجود ژن. 92

2-29-انواع سیستم های بیانی و مزیت اشرشیاکلی.. 92

2-30-وکتورهای بیان کننده 94

2-30-1- وکتورهای بیان کننده سیستمpET.. 94

2-31-وکتورهای پلاسمیدی.. 96

2-32-توالی شاین دلگارنو(SD)(Shine-delgarno) 97

2-33-استراتژی بیان در سیستمpET.. 97

2-34-نقشه و مشخصات وکتورpET28a(+) 98

2-35-تولید پروتئین نوترکیب.. 99

2-36-مراحل تهیه یک پروتئین نوترکیب در اشرشیاکلی.. 99

2-37-بیان ژن و تولید پروتئین نوترکیب در E.coli. 100

2-38-راهکارهای افزایش تولید پروتئین نوترکیب در اشرشیاکلی.. 101

2-39-تخلیص پروتئین نوترکیب.. 102

2-40- فرضیات و هدف از انجام تحقیق.. 103

2-40-1 -فرضیات.. 103

2-40-2 – هدف از انجام تحقیق.. 103

فصل سوم: مواد و روش ها…104

3-1-مجموعه توالی های پروتئین.. 105

3-2-پیش بینی اپی توپ سلول B.. 105

3-3-قابلیت دسترسی اپی توپ به حلال. 106

3-4-محل های N-Glycosylated.. 107

3-5-ترجمۀ معکوس اولین ساختمان. 107

3-6-بهینه سازی کدون، تعیین کدون های نادر (rare codon) 108

3-7-تولید ساختار واکسن.. 109

3-8-تهیه باکتری مستعد شده 109

3-9-ترانسفورم نمودن پلاسمید بیانی.. 111

3-10- SDS-PAGE. 114

3-11-بیان پروتئین نوترکیب HPV   واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس کم. 115

3-12-کشت انبوه سویه بیانی و تهیه جسم سلولی.. 117

3-13-بیان پروتئین نوترکیب HPV  واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس بالا. 117

3-14-الکتروفورز پروتئین در ژل آکریل آمید در حضور SDS. 119

3-15- رنگ آمیزی ژل با کوماسی بلوR-350.. 122

3-15-1- روش تهیه محلول ها 122

3-15-2- روش رنگ آمیزی.. 123

3-16- وسترن بلاتینگ… 123

3-16-1- انتقال در تانک… 124

3-16-2- مسدودسازی غشا 125

3-16-3- تشخیص با آنتی بادی.. 125

3-17-تخلیص پروتئین با یون های نیکل متصل به ماتریکس NTA نوترکیب HPV   واکسن کاندید چند اپی توپی روی ماتریکس Ni-NTA.. 126

3-18-بهینه سازی تخلیص…. 127

3-19-ارزیابی پروتئین تخلیص شده با روش SDS-PAGE. 127

3-20-تخلیص انبوه پروتئین نوترکیبHPV  واکسن کاندید چند اپی توپی.. 128

3-21- دیالیز و تغلیظ پروتئین HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده 134

3-22- ارزیابی پروتئین تخلیص شده 136

3-23- روش برادفورد. 136

3-23-1- طرز تهیه محلول های مورد نیاز. 137

3-23-2- طرز تهیه محلول برادفورد. 137

3-23-3- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین ذخیره با غلظت 1000μic/ml. 137

3-23-4- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین با غلظت 10,100mic/ml 137

3-24- بررسی خلوص پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با روش SDS-PAGE. 138

3-25-بررسی پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با وسترن بلات.. 138

3-26-پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی.. 139

3-27- حیوان آزمایشگاهی.. 139

3-28-ادجوانت‌ فروند ناقص…. 139

3-29-گروه‌های تجربی و واکسیناسیون موش‌ها 140

3-30- بررسی پاسخ های همورال. 141

3-30-1- بررسی سطح آنتی بادی توتال در رقت های مختلف سرمی.. 142

فصل چهارم: نتایج ….144

4-1-پیش بینی اپی توپ سلول B.. 145

4-2- قابلیت دسترسی اپی توپ ها 149

4-3-محل های N-Glycosylated.. 151

4-4-انتخاب اپی توپ ها و اتصال پپتیدها برای تولید ساختمان واکسن.. 153

4-5-ارزشیابی توالی پروتئین.. 155

4-6-ترجمۀ معکوس ساختمان اول. 157

4-7-نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش      SDS-PAGE.. 159

4-8- نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش وسترن بلاتینگ… 161

4-9-نتایج بررسی پاسخ های ایمنی همورال. 162

4-9-1- نتایج بررسی سطح آنتی‌بادی توتال اختصاصی واکسن کاندید. 162

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری………164

5-1- بحث و نتیجه گیری.. 165

5-2-پیشنهادات و چشم اندازها 168

 References      …169

ضمائم:

فهرست اشکال :

شکل 2-1.ساختمان ویروس پاپیلوما……………………………………………………………………………………………………………………….16

شکل 2-2. نقشه ژنومی در پاپیلوما ویروس……………………………………………………………………………………………………………..18

شکل2-3.نمایی از تکثیر پاپیلوما ویروس در ارتباط با عملکرد پروتئین های غیرساختاری……………………………………………..18

شکل2-4. مواردی از عفونت پاپیلوما ویروس ها……………………………………………………………………………………………………..30

شکل 2-5. مراحل اصلی پاپیلوماویروس و محل آنها در اپی تلیوم اسکوآموس…………………………………………………………….41

شکل 2-6. ساختار شماتیک و توالی ژنی ناحیه بیانی pET-28a(+)…………………………………………………………………………..99

شکل4-1. نمایش انتخاب اپی توپ ها با میزان بالای قابلیت دسترسی به حلال ، در اینجا ساختمان های پروتئین L1 از سروتایپ های HPV 11, 16, 18, 31, 45 نشان داده شده اند…………………………………………………………………………………151

شکل4-2.طراحی اولیه ساختار اپی توپ های منتخب ، E1 تا E10 برای پروتئین L1 و  E11 تا E20  برای L2 طراحی شدند………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..155

شکل 4-3. آنالیز آنتی ژنی سیتی ساختمان توسط برنامه پروتئان آنالیز ،. این نتایج نشان داد که قسمت های اصلی ساختار پروتئنی جدید خصوصیات هیدروفیلیک دارد، بنابراین توان آنتی ژنیک را دارد……………………………………………………………157

شکل4-4. توالی ترجمه شده معکوس برای بهینه سازی کدون و کدون نادر برای افزایش سطح بیان ژن و انحلال پذیری پروتئین  ارزشیابی شد. به این منظور OPTIMIZER و سرورهای GenScript با هم بکار برده شدند…………………..158

ششکل 4-5. نتایج ترجمه معکوس و بهینه سازی …………………………………………………………………………………………………159

شکل 4-6.نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی و مشاهده باند در محدوده 45 کیلو دالتون……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….160

شکل4-7. pET28a(+)/HPV، SDS-PAGE قبل و بعد از تخلیص پروتئین ، نتیجه تخلیص به صورت تک باند و در محدوده 45KD است………………………………………………………………………………………………………………………………………….160

شکل4-8. نتایج Western Blot و SDS-PAGE ، نتیجه در محدوده 45KD است……………………………………………..161

شکل4-9. SDS-PAGE بعد از تخلیص انبوه پروتئین ، نتیجه به صورت تک باند و در محدوده 45KD است…………..162

فهرست جداول:

جدول 2-1. خصویات واکسن چهار ظرفیتی و دوظرفیتی HPV ……………………………………………………………………………….53

جدول 2-2.واکسن های پیشگیری کننده در حال توسعه……………………………………………………………………………………………61

جدول2-3.واکسن های درمانی HPV درحال توسعه………………………………………………………………………………………………..62

ﺟﺪول2-4.ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B ﻣﺨﺘﻠﻒ ……………………………………………………..72

ﺟﺪول 2-5. ﺗﻌﺪادی از اﺑﺰارهای ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ………………………………………………………….75

ﺟﺪول 2- 6 . ﻣﻨﺎﺑﻊ ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮلB  ……………………………………………………………………………80

جدول3-1. سکانس های استفاده شده برای طراحی ساختار کاندید یونیورسال واکسن HPV……………………………………..105

جدول3-2.گروه بندی موش های مورد مطالعه………………………………………………………………………………………………………141

جدول 4-1. پیش بینی اپی توپ سروتیپ های HPV 11.16.18, 31, 45 با بهره گرفتن از سرور BCPREDS……………….149

جدول 4-2.فهرست نتایج مدل سازی همولوژی برای پروتئین های L1 از HPV نوع های 11، 16، 18، 31 و 45………..150

جدول4-3. امتیاز و محدوده آسپاراژین در توالی اپی توپ ها را نشان  می دهد…………………………………………………………153

جدول4-4. 20  اپی توپ مناسب انتخاب شده از پروتئین های L1 و L2  ………………………………………………………………154

جدول 4-5. نتایج طراحی پروتئین و محاسبه پارامترهای مربوطه……………………………………………………………………………..156

فهرست نمودار ها :

نمودار 4-1. نتایج بررسی سطح آنتی بادی توتال در گروه های تجربی…………………………………………………………………….163

خلاصه

سرطان گردن رحم بعد از سرطان سینه دومین سرطان شایع زنان در سراسر جهان می باشد. بیش از 90% سرطان های گردن رحم ، واجد پاپیلوما ویروس های انسانی  (HPV)هستند. بیش از 100 نوع مختلف پاپیلوما ویروس انسانی وجود دارد که بیش از 40 گونه ژنوتیپی  این ویروس ها، عفونت زا هستند و از آن میان حدود 15 ژنوتیپ، کارسینوژن هستند که تحت عنوان ژنوتیپ های high-risk نام برده        می شوند و ژنوتیپ 18 و  16 در بین آنها عامل بیش از 90 % سرطان های مرتبط با این ویروس هستند.  پروتئین کپسید L1 پاپیلوما ویروس ها زمانی که در سیستم های بیان کننده پروتئین های یوکاریوتی و پروکاریوتی بیان می شوند ذرات ویروسی مانند  غیر عفونی را تشکیل می دهند که باعث القاء پاسخ آنتی بادی خنثی کننده ضد HPVs می شوند. این پروتئین اکنون نیز به عنوان واکسن استفاده         می شود و احتمالا وجود پروتئین2 L در واکسن میتواند از طیف گسترده تری از تیپ های ویروسی پیشگیری کند، هرچند که              اپی توپ های خنثی کننده آن شبیه به L1 توانایی حفاظت کنندگی را ندارند اما اپی توپ های آن واکنش های متقاطع را به خوبی القا     می نمایند. در حال حاضر واکسن هایی که برای ویروس HPV وجود دارد، نمی تواند تمام سروتیپ های پر خطر آن را پوشش دهد و از لحاظ قیمت نیز پر هزینه است.

در تحقیق حاضر طراحی یک واکسن یونیورسال چند اپی توپی برای پروتئین های ساختمانی اصلی ویروس های HPV که شامل  L1/L2 است با بهره گرفتن از استراتژی های  ایمونو انفورماتیک در بررسی 6 نوع پرخطر ویروس HPV سویه های 6،11،16،18،31،45، تلاش در طراحی و ساخت واکسنی شده است که این سروتیپ ها را پوشش دهد ، در این خصوص اقدام به شناسایی بهترین اپی توپ های برانگیخته کننده لنفوسیت هایB ، برای پیشگیری از وقوع  بیماری های مرتبط در جهت مطالعه به عنوان کاندید یونیورسال واکسن شد به این ترتیب با در نظر گرفتن بیشترین سطح تحریک شوندگی لنفوسیت های B- اپی توپ های پروتئین های کپسیدی L1 وL2، از نظر قابل دسترس ترین  اپی توپ ها با توجه به طراحی سه بعدی آن ها، در نظر گرفتن نواحی N گلیکوزیله شده، هیدروفیلیسیته و آنتی ژنسیته، بهترین اپی توپ ها شامل بیست اپی توپ بیست  اسید آمینه ای انتخاب و پس از آنالیزهای مثبت، ساختار نهایی مشتمل بر چهارصد اسید آمینه به صورت DNA طراحی  شد و به صورت 1200 نوکلئوتید ترجمه معکوس گردید، سپس در جهت بهترین بیان در E.coli بهینه سازی شد. آنزیم های برش گر BamHI و HindIII به ابتدا و انتهای توالی اضافه و سپس در غالب یک ساختار ژنی در کنار یکدیگر قرار داده شد. ژن طراحی شده مذکور ، توسط شرکت بیوماتیک سنتز شده و در پلاسمید pET28a کلون گردید. پس از دریافت پلاسمید مذکور، در سلول های E.coli BL21DE3 ترانسفرم گردید. بیان پلاسمید نوترکیب در سلول های باکتری با اضافه نمودن 1میلی مولار IPTG در طول 4 ساعت کشت انجام شد و سپس پروتئین توسط ستون کروماتوگرافی   Ni-NTA خالص شد و خلوص با تکنیک SDS-page تائید شد و سپس در برابر آنتی بادی anti-His در وسترن بلات مورد تایید قرار گرفت. جهت بررسی ایمنی زایی، واکسن کاندید همراه با ادجوانت فروند ناقص همراه با گروه کنترل  PBS به گروه های موشی  BALB/c (n=6 ) دو بار و به فاصله 2 هفته بصورت زیر پوستی تزریق شدند که میزان تزریق در هر سری 10 میکروگرم بود. یک هفته پس از دومین واکسیناسیون موش ها ،توتال آنتی بادی ها به روش الایزای غیر مستقیم ارزیابی شدند. نتایج نشان داد که واکسن کاندید تولید شده در میزبان باکتریایی و خالص شده به وسیله ی Ni-NTA، یک باند در حدود 45 کیلو دالتون در وسترن بلات نشان داد. همچنین واکسیناسیون با واکسن کاندید یونیورسال بر پایه ی L1/L2 HPVs  منجر به افزایش قابل توجه در پاسخ ایمنی همورال در مقایسه با گروه کنترل شد.

واژه های کلیدی : پاپیلوما ویروس انسانی، پروتئین کپسید L1 و L2 ، چند اپی توپی، یونیورسال واکسن

فصل اول

مقدمه

پاپیلوما ویروس ها، گروهی از ویروس های DNA دار هستند که باعث ایجاد زگیل  یا پاپیلوم در انواعی از مهره داران عالی از جمله انسان ها می شوند. همچنین بعضی از پاپیلوما ویروس ها می توانند در حیوانات و انسان ها بدخیمی

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                           صفحه

چکیده…………………………………………………………………………………………………………………………………………1

فصل اول: کلیات                                                                                           

1-1- سرطان……………………………………………………………………………………………………………………………….3

1-2- علل سرطان………………………………………………………………………………………………………………………..3

1-3- خصوصیات سلول توموری…………………………………………………………………………………………………..5

1-4- روش ‌های درمان سرطان……………………………………………………………………………………………………..6

1-5- تاریخچه ی شیمی درمانی…………………………………………………………………………………………………. 6

1-6- مقاومت دارویی…………………………………………………………………………………………………………………..7

1-7-1- داروهای آلکیله کننده………………………………………………………………………………………………………8

1-7-2- آنتی متابولیت‌ها……………………………………………………………………………………………………………..8

1-7-3- هورمون‌ها……………………………………………………………………………………………………………………..9

1-7-4- فراورده‌‌های گیاهی………………………………………………………………………………………………………….9

1-7-5- آنتی بیوتیک‌های ضدسرطان…………………………………………………………………………………………..10

1-7-5-1- اکتینومایسین…………………………………………………………………………………………………………..11

1-7-5-1-1- داکتینومایسین……………………………………………………………………………………………………..11

1-7-5-2-آنتراسیکلین………………………………………………………………………………………………………………13

1-7-5-2-1-دانوروبیسین………………………………………………………………………………………………………….14

1-7-5-2-2-دوکسوروبیسین هیدروکلراید…………………………………………………………………………………..16

1-7-5-3- میترامایسین………………………………………………………………………………………………………………17

1-7-5-4 بلئومایسین سولفات…………………………………………………………………………………………………….19

1-7-5-5- میتومایسین‌ها……………………………………………………………………………………………………………21

1-7-5-5-1 میترامایسین C………………………………………………………………………………………………………..22

1-7-5-6- استرپتوزوستین…………………………………………………………………………………………………………22

1-8-سرطان ریه………………………………………………………………………………………………………………………..23

1-8-1- علائم سرطان ریه……………………………………………………………………………………………………….. 26

1-8-2- سرطان در ایران…………………………………………………………………………………………………………… 26

1-9-اکتینومیست‌ها…………………………………………………………………………………………………………………….28

1-9-1-متابولیت‌های ثانویه‌ی اکتینومیست‌ها………………………………………………………………………………….30

1-10-هدف از پژوهش………………………………………………………………………………………………………………33         

فصل دوم: پیشنه‌ی تحقیق                                                                                               

فصل سوم: مواد و روش­ها                                                                                              

3-1- ترکیبات استفاده شده………………………………………………………………………………………………………….39

3-2- دستگاه های استفاده شده……………………………………………………………………………………………………42

3-3- سویه‌های اکتینومیست………………………………………………………………………………………………………..43

تولید اسپور باکتری………………………………………………………………………….43

3-5- آماده‌سازی محیط پیش کشت………………………………………………………………………………………………44

3-6- آماده‌سازی محیط کشت تخمیر……………………………………………………………………………………………44

3-7- احیا و کشت سویه…………………………………………………………………………………………………………….45

3-8- تهیه پیش کشت……………………………………………………………………………………………………………… 45

3-9- تولید متابولیت‌ها………………………………………………………………………………………………………………45

3-10- استخراج متابولیت‌ها………………………………………………………………………………………………………45

3-11- نگهداری عصاره‌ها………………………………………………………………………………………………………..46

3-12-1- کشت آرتمیا……………………………………………………………………………………………………………..46

3-12-2- آزمون ارزیابی سمیت در آرتمیا…………………………………………………………………………………..47

3-13- غربالگری ثانویه، ارزیابی سمیت در کشت سلولی……………………………………………………………..48

3-13-1- انتخاب دودمان سلولی…………………………………………………………………………………………….. 48

3-13-1-1 محیط کشت………………………………………………………………………………………………………….49

3-13-1-1-1- مراحل تهیه محیط کشت دودمان سلولی A549…………………………………………………..49

3-13-1-1-2-تجدیدکشت دودمان سلولی A549……………………………………………………………………..50

3-13-1-1-3- شمارش سلول‌ها و بررسی میزان فعالیت سلول…………………………………………………..51

3-13-2- تهیه محلول تریپسین………………………………………………………………………………………………….52

3-14- آزمون MTT………………………………………………………………………………………………………………..53

3-15- شمارش سلول برای انجام آزمونMTT……………………………………………………………………………54

ژوهش……………………………………………………………………….54

3-17- بررسی ریخت‌شناسی سلول‌ها تیمار شده با عصاره اکتینومیست‌ها……………………………………..55

3-18- شناسایی سویه‌های منتخب اکتینومیست………………………………………………………………………….56

3-18-1- بررسی مورفولوژی میکروسکوپی……………………………………………………………………………. 56

3-18-2- بررسی میسلیوم‌های هوایی و آرایش زنجیره اسپوری……………………………………………………56

3-18-3- بررسی رشد میسلیومی در محیطISP2 broth………………………………………………………………56

3-19-  مطالعه شیمیوتاکسونومی………………………………………………………………………………………………56

3-19-1- تهیه بیومس برای تعیین ایزومر دی آمینوپامیلیک اسید(DAP)……………………………………………56

3-20- شناسایی توالی نوکلئوتیدی ژن 16S rRNA سویه‌های منتخب…………………………………………….. 58

3-20-1- تهیه محیط کشت Luria Broth(LB)……………………………………………………………………………..58

3-20-2- تهیه زیست توده برای مطالعات فیلوژنتیک……………………………………………………………………..59

3-20-3- استخراج DNA…………………………………………………………………………………………………………59

3-20-4- تائید بررسی کیفیت استخراج DNA………………………………………………………………………………61

3-20-4-1- تهیه ژل آگاروز……………………………………………………………………………………………………..61

3-20-4-1-1- تهیه بافر(TAE)Tris-Acetate-EDTA………………………………………………………………..61

3-20-5- انجام فرایند واکنش زنجیره پلیمراز(PCR)……………………………………………………………………..62

3-20-5-2- شرایط واکنش PCR………………………………………………………………………………………………62

3-20-5-3- بررسی محصولات PCR………………………………………………………………………………………..63

3-20-5-4- خالص سازی محصولات PCR……………………………………………………………………………….63

3-20-6- تعیین توالی نوکلئوتیدی قطعات تکثیر شده از ژن 16S rRNA………………………………………….63

3-20-7- مقایسه توالی نوکلئوتید ژن 16S rRNA سویه‌های اکتینومایست منتخب…………………………….63

فصل چهارم: نتایج                                                                                                       

4-1- شرایط پیش تخمیر و تخمیر و میزان متابولیت تولید شده توسط40 سویه  اکتینومیست‌ بررسی شده در این پژوهش………………………………………………………………………………………………………………………………65

4-2- نتایج حاصل از تست ارزیابی سمیت متابولیت‌های ثانویه………………………………………………………..68

4-3- نتایج مربوط به بررسی ریخت شناسی سلول‌ها در تست سمیت سلولی………………………………….. 71

4-4- نتایج مربوط به تست سمیت سلولی با روش MTT……………………………………………………………….72

4-5- بررسی ریخت‌شناسی سلول‌ها پس از تیمار با عصاره سویه‌ی اکتینومیست‌های منتخب………………74

4-6- شناسایی اکتینومیست‌های منتخب………………………………………………………………………………………..74

4-6-1- بررسی ریخت شناسی اکتینومیست‌های منتخب…………………………………………………………………74

4-6-3- بررسی فیلوژنتیکی اکتینومیست‌های منتخب………………………………………………………………………77

4-6-3-1- تائید استخراجDNA اکتینومیست‌های منتخب………………………………………………………………77

4-6-4- تائید استخراج ژن16S rRNA از ژل آگاروز……………………………………………………………………..77

4-6-4-1- نتایج مربوط به توالی خوانی ژن 16S rRNA……………………………………………………………….78

 فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری                                                                                      

 منابع……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 91

چکیده انگلیسی…………………………………………………………………………………………………………………101

پیوست‌ها………………………………………………………………………………………………………………………….102

فهرست جداول

عنوان                                                                                                                  صفحه

جدول ‏1‑1: میزان شیوع و مرگ و میر ناشی از انواع سرطان در هر دو جنس زن ومرد. 25

جدول ‏1‑2: تغییرات تنوع سرطان در ایران در طی سال‌های 1376-1318.. 27

جدول ‏1‑3:گروه‌های مختلف اکتینومیست‌ها 29

جدول ‏1‑4: تعدادی از متابولیت‌های استخراج شده توسط اکتینومیست‌ها 32

جدول ‏3‑1:مواد شیمایی استفاده شده 39

جدول ‏3‑2:دستگاه‌های استفاده شده 42

جدول ‏3‑3:ترکیبات محیط کشت ISP2 اصلاح شده 44

جدول ‏3‑4:ترکیبات محیط پیش تخمیر. 45

جدول ‏3‑5:نمک‌های مورد نیاز برای تهیه آب نمک دریایی مصنوعی.. 46

جدول ‏3‑6:ترکیبات مورد استفاده درتهیه محیط کشت دودمان A549. 49

جدول ‏3‑7:ترکیبات محیط کشت… 58

جدول ‏4‑1:نتایج حاصل از مرحله ی تولید واستخراج متابولیت‌های ثانویه. 64

جدول ‏4‑2:درصد کشندگی در عصاره‌ها با محدوده اثری بین 40-59% (محدوده اثر خوب). 67

جدول ‏4‑3:درصد کشندگی در عصاره‌ها با محدوده اثری بین 39-20% (محدوده اثر متوسط). 69

جدول ‏4‑4:درصد کشندگی در عصاره‌ها با محدوده اثری بین 0-19% (محدوده اثرضعیف). 70

جدول ‏4‑5: نتایج مربوط به بررسی مرفولوژی سلول پس از تیمار با عصاره‌ها 70

جدول ‏4‑6: نتایج مربوط به مقایسه مقدار جذب بین عصاره‌ها با شاهد…………………………………………….. 72

جدول ‏4‑7: شماره دسترسی در Gene Bank ومیزان تشابه اکتینومیست‌های منتخب با اکتینومیست‌های ثبت شده براساس ترادف نوکلئوتید‌های ژن 16S rRNAدر ژنوم…………………………………………………………… 80

فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                                  صفحه

نمودار ‏4‑1:مقایسه میانگین مقدار جذب بین عصاره‌های سویه‌هایی که 05/0≥p داشتندبا شاهد(A549). 73

فهرست اشکال                           صفحه

شکل ‏1‑1: ساختمان شیمیایی داکتینومایسین.. 12

شکل ‏1‑2: ساختمان شیمیایی دانوروبیسین.. 14

شکل ‏1‑3: ساختمان شیمیایی دوکسوروبیسین.. 16

شکل ‏1‑4: ساختمان شیمیایی میترامایسین.. 17

شکل ‏1‑5:ساختمان شیمیایی بلئومایسین.. 18

شکل ‏1‑6:ساختمان شیمیایی میتومایسین.. 20

شکل ‏1‑7: ساختمان شیمیایی استرپتوزوستین.. 22

شکل ‏3‑1: این تصاویر به عنوان نمونه از میزان آسیب می‌باشد که برای درک بهتر هر مفهوم آسیب دیدگی……………………………………………………………………………………………………………………………………….54

شکل ‏4‑1: تصاویر مربوط به بررسی ریخت‌شناسی سلول‌ها پس از تیمار سلول A549 با عصاره باکتری‌ها…………………………………………………………………………………………………………………………………….73

شکل ‏4‑2: بررسی ریخت شناسی سویه UTMC 863. 74

شکل ‏4‑3: بررسی ریخت شناسی سویه UTMC 919. 74

شکل ‏4‑4: بررسی ریخت شناسی سویه UTMC 877. 74

شکل ‏4‑5: بررسی ریخت شناسی سویه UTMC 676. 75

شکل ‏4‑6: بررسی ریخت شناسی سویه UTMC 638. 75

شکل ‏4‑7: مربوط به استخراج DNA اکتینومیست‌های منتخب… 76

شکل ‏4‑8: مربوط به استخراج ژن 16S rRNA می‌‌باشد. 77

فهرست پیوست‌ها

پیوست‏4‑1.. 102

پیوست‏4‑2.. 102

پیوست‏4‑3.. 106

پیوست‏4‑4. 121

چکیده

در این پژوهش توان تولید ترکیبات ضد سرطان ریه در اکتینومیست‌های بومی ایران که در مرکز کلکسیون میکروارگانیسم‌های دانشگاه تهران(UTMC) نگهداری می‌شوند مورد بررسی قرار گرفت.

ابتدا 40 سویه اکتینومیست که در دمای 70- درجه سانتیگراد نگهداری می‌شدند به صورت تصادفی انتخاب شدند و مراحل اسپورزایی، پیش تخمیر و تخمیر آنها انجام شد. میزان سمیت عصاره‌های استخراج شده به دو روش  تست آرتمیا (assay Brine Shrimp) و تست رنگ سنجی (MTT) برروی دودمان سلولی A549 سنجیده شد. پنج سویه UTMC 863،UMC 877 ،UTMC 919 ، UTMC 638، UTMC 676 اثرات کشندگی روی دودمان سلولی A549 داشتند که نتایج تست سلولیMTT، نتایج بررسی ریخت شناسی سلولی را نیز تایید کرد. پنج سویه منتخب تحت شناسایی مورفولوژیک و مولکولی قرار گرفتند. نتایج این بررسی نشان داد که سویه UTMC 676 دارای 86/99% شباهت به Streptomyces aureoverticillatus (شماره دسترسی AY999774) و سویه UTMC 638 دارای 78/98% شباهت به Streptomyces cacaoi subsp. cacaoi (شماره دسترسی AB184115) همچنین سویه های UTMC 863 وUTMC 877 به ترتیب دارای