پایان نامه : شبیه سازی دینامیک ملکولی استخلافات پورفیرین |
مقدمه
1-1- پورفیرین
پورفیرینها گروهی از ترکیبات آلی هستد که در طبیعت به صورت های مختلفی وجود دارند. یکی از معروف ترین پورفیرینهای شناخته شده، هم می باشد که همان رنگدانه ی موجوددر سلولهای خون است و کوفاکتور سلولهای هموگلوبین است. آن ماکرو سیکلهای هترو سیکلی است که از ٤ واحد پیرول تغییر یافته تشکیل شده است و اتم کربن آلفای آن از طریق پلهای متین به هم متصل شده اند ]1.[
هر چند که کمپلکسهای پورفیرین طبیعی برای زندگی ضروری هستند ولی پورفیرینهای سنتزی کاربردهای محدود تری دارند. به عنوان نمونه کمپلکسهای مزو-تترا فنیل پورفیرین، انواع مختلف واکنشها را در سنتز آلی کاتالیز می کنند ولی هیچ کدام از آن ها ارزش کاربردی ندارد. ترکیبات پورفیرینی در بلوکهای ساختمانی سوپرا ملکولی و الکترونی ملکولی مورد توجه زیادی قرار گرفتهاند. فتالوسیانینها که ساختار مشابه با پورفیرین دارند در مصارف تجاری به عنوان رنگها و کاتالیزورها به کار میروند. رنگهای پورفیرینی سنتزی که در طراحی سلهای خورشیدی به کار میروند موضوع جدید تحقیقات پیشرفته است. ساختار ملکولی پورفیرین در سال 1912 توسط کاستر پیشنهاد شد ]2[. در آن زمان تصور میشد که چنین حلقه بزرگی ناپایدار است تا اینکه در سال 1929 فیشر[1] توانست با سنتز پروتوهم[2] این ساختار مولکولی را برای پورفیرین تایید کند [3]. سادهترین ساختار پورفیرین که فاقد استخلافهای جانبی میباشد و پورفین[3] نامیده می شود که در شکل 1-1 نشان داده شده است.
1-2- خواص پورفیرینها
پورفیرینها آروماتیک هستد و به دلیل آروماتیسیته از قانون هوکل پیروی می کنند. دارای 4n+2=π الکترون هستند که در ماکروسیکل مستقر شده است. بنابر این ماکروسیلها، سیستم های فوق العاده مزدوج هستند در نتیجه ی این امر، باندهای جذبی قوی در ناحیهی مرئی دارند و شدیدا رنگی میباشند. اندازه گیری گرمای سوختن و طیف بینی NMR پورفیرینها، آروماتیک بودن آنها را نشان میدهد[4]. نام پورفیرین از کلمه ی یونانی purple به معنای بنفش آمده است. ماکروسیل آن ٢٦الکترون پای دارد.
امروزه داده های بلورشناسی نشان می دهند که مولکول پورفیرین به طور کامل سخت و انعطافناپذیر نیست، بلکه یک سیستم انعطاف پذیر با سد انرژی پایین برای تغییر شکلهای خارجصفحهای[4] است و شکل هندسی آن به طور قابل توجهی تحت تاثیر برهم کنشهای بلوری بین مولکولی میباشد به طوری که ساختار پورفیرین کاملا مسطح[5] بوده و ساختار تترافنیل پورفیرین کاملا چینخورده[6] میباشد [5].
با جایگزینی گروههای مختلف در موقعیتهای مختلف β پیرولی یا مزو، از مولکول پورفین به پورفیرین میرسیم. از طرفی ویژگی الکترونی استخلافها از جمله الکترون کشندگی یا الکترون دهندگی سبب تغییر خواص پورفیرینها می شود [6]. ترکیبات پورفیرینی که دارای دو هیدروژن بر روی نیتروژنها هستند، باز آزاد[7] نامیده میشوند (شکل ١-2 الف). افزایش یک پروتون، منجر به تشکیل مونواسید[8] یا مونوکاتیون (شکل ١-2 ب) می شود و افزایش یک پروتون دیگر، تشکیل دیاسید[9] یا دیکاتیون (شکل ١-2 ج) را میدهد که در آن پورفیرین دارای بار ٢+ است. پورفیرینها میتوانند با از دست دادن دو هیدروژن خود در حالت باز آزاد، به صورت دی آنیون درآیند که در فرم دیآنیون قادرند با یونهای فلزی ٢+
و ٣+ کمپلکسهای فلزی پورفیرینها را تشکیل دهند.
ج) ب) الف)
شکل(1-2)- ساختار پورفیرین الف) باز آزاد ب) مونواسید ج) دی اسید
1-3- پورفیرینها و ترکیبات مرتبط
پورفیرین بدون فلز در حفره اش نیز باز آزاد نامیده می شود. بعضی از پورفیرینهای حاوی آهن هم نامیده میشوند. هم حاوی پروتئین ها هموپروتئینها میباشد که به طور گستردهای در طبیعت یافت می شود. هموگلوبین و میوگلوبین دو پروتئین پیوندی اکسیژن هستند که حاوی پورفیرینهای آهن دار میباشند. چندین هتروسیکل دیگر در ارتباط با پورفیرین وجود دارد. این هتروسیکلها شامل کورینها، کلرینها، باکتریوکلرفیلها و کورفینها میباشد.
از شبه پورفیرینهای طبیعی میتوان به کورینها[10] شکل(١-3) اشاره کرد. کورینها ماکروسیکلهایی متشکل از چهار حلقه پیرولی هستند که از چهار اتم نیتروژن خود برای اتصال به فلز استفاده می کنند. کورینها در این حالت تقریبا شکل مسطح مربعی دارند. تفاوت اصلی کورین با پورفیرین، نبود یک اتم کربن متین است که اتصال دهنده دو تا از حلقههای پیرول است. این عامل، سبب به هم ریختن هندسه فلز مرکزی است و نیز باعث به وجود آمدن برخی خواص جالب برای کمپلکس مذکور است.
شکل(1-3)- ساختارکورین
کلرینها بیشتر احیا شده، هیدروژن بیشتری نسبت به پورفیرین دارند و زیر واحد پیرولینی دارند. این ساختار در کلروفیل رخ میدهد. جایگزینی دو زیر واحد از چهار زیر واحد پیرولی با زیر واحد پیرولینی، منجر به باکتریوکلرینها می شود که در باکتری های فتوسنتز کننده یافت می شود. پروتوپورفیرین[11] (شکل١- 4) یکی از فراوانترین پورفیرینهای موجود در طبیعت است. از جانشین کردن کربنهای ٥، ١٠، ١٥و٢٠ پورفین با نیتروژن و اتصال حلقههای پیرول با چهار حلقه بنزن ترکیب معروف رنگی، به نام فتالوسیانین (شکل١-5) حاصل می شود. دو ترکیب مهم دیگر موجود در طبیعت کلروفیل[12] (شکل١-6) و ویتامین B12 [7] (شکل١-7) میباشند.
ماکروسیکلهای تتراپیرولی، که پورفیرینها دستهای از آنها هستند، در طبیعت جهت اتصال فلز در سیستمهای آنزیمی و کمپلکسهای مربوطه استفاده میشوند و عهدهدار کارهای زیادی هستند. توانایی کاتالیزوری پورفیرینها به وضعیت الکترونی فلز مرکزی، هندسه حلقه پورفیرین و طبیعت لیگاندهای محوری بستگی دارد [8].
شکل(1-4)- پروتوپورفیرین
شکل(1-5)- فتالوسیانین
شکل(1-6)- کلروفیل شکل(1-7)- ویتامینB12
کمپلکسهای پورفیرین با آهن، کبالت، منگنز، مس و نیکل به عنوان فعال کننده O2 شناخته میشوند و فعالیت آنها در شیمی آلی فلزی بررسی شده است. به عنوان مثال میتوان از سیستمهای پورفیرینی استفاده شده در اکسایش کاتالیزوری از طریق اتصال با O2 نام برد. سیتوکروم ٤٥٠P-، یک پورفیرین آهن موجود در سیستمهای زیستی، از مهمترین آنزیم های اکسنده مورد مطالعه است. این آنزیم مدلی برای اکسایشهای شبهزیستی[13] است [8].
با در نظرگرفتن مطالعات مربوط به مشتقات گوناگون پورفیرینها، فاصلهها و زاویهها در اسکلت پورفیرین مقدار تقریبا ثابتی میباشد. پورفیرین مسطح با توجه به قاعده زاویه و فاصله یک محور تقارن درجه چهار دارد.
پورفیرینها شامل انواع مسطح و تغییرشکلیافته میباشند. این ماکرومولکولها دارای خاصیت انعطافپذیری هستند. پورفیرین در حالت مسطح در پایینترین سطح انرژی خود قرار دارد. از آنجا که انرژی کمی برای تغییر شکل پورفیرین لازم است، تحت شرایط مختلف نمیتوان ساختار آن را به سادگی پیش بینی کرد. همچنین ساختار پورفیرین در محلول به دلیل نامشخص بودن برهمکنشهای دقیق آن با حلال قابل پیش بینی نیست.
1-4- یونیزه شدن پورفیرینها
با افزایش قدرت الکترون کشندگی زنجیرههای جانبی پورفیرین خاصیت بازی آن کاهش می یابد. هسته پورفیرین با دو اتم نیتروژن پیرولینی (=N–) که توانایی جذب پروتون را دارند، به عنوان یک مرکز بازی دو ظرفیتی و با دواتم نیتروژن NH) –) پیرولی، که توانایی از دست دادن پروتون را دارند، به عنوان یک مرکز اسیدی دو ظرفیتی عمل می کند. بنابراین هسته پورفیرین می تواند هر دو نقش اسیدی و بازی را ایفا کند.
پورفیرینها به عنوان اسیدهای خیلی ضعیف عمل می کنند. حالتهای خنثی حتی درمحلول های هیدروکسید سدیم غلیظ پایدارند ولی در حضور سدیم آلکوکسیدها، طیف جذبی حضور دیآنیون را نشان میدهد. قدرت بازی نیتروژنهای پیرولینی، از طریق یک ساختار رزونانسی، تحت تاثیر زوج الکترونهای غیر پیوندی نیتروژنهای پیرولی قرار میگیرد.
1-5- عوامل موثر بر فعالیت پورفیرینها
بسیاری از مطالعات انجام شده که به بررسی تاثیر عوامل موثر بر فعالت پورفیرین ها پرداخته است. تقریباً تمام واکنشهایی که توسط آنزیمها کاتالیز میگردند توسط متالوپورفیرینها نیز کاتالیز میشوند. گزارشهای زیادی در مورد
فرم در حال بارگذاری ...
[دوشنبه 1399-10-01] [ 01:13:00 ب.ظ ]
|