چکیده
مایعات یونی را میتوان به عنوان محیط واکنشهای بیوکاتالیز جایگزینهایی سبز برای حلالهای آلی به شمار برد. ترکیبات مختلفی از کاتیونها و آنیونها را میتوان جهت دستیابی به طیف وسیعی از مایعات یونی با ویژگیهای فیزیکی شیمیایی مختلف به کار برد. با توجه به گستره وسیع خصوصیات مایعات یونی، نیاز است که مایعات یونی مناسب برای هر آنزیم خاص و هر محیط واکنش خاص مشخص شود. آنزیم لیپاز ترموانروباکتر ترموهیدروسولفوریکوس (TTL) یک لیپاز مقاوم به دما است که اختصاصیت انانتیومری خوبی نسبت به الکلهای ثانویه دارد. بنابراین از TTL میتوان به عنوان یک آنزیم بالقوه صنعتی، در انجام واکنش های تفکیک مخلوطهای راسمیک استفاده کرد. در این پژوهش فعالیت هیدرولازی آنزیم TTL در حضور غلظتهای مختلف مایعات یونی [CnMIM][Br] (12، 6، 4، 2 = n) مورد بررسی قرار گرفت. با توجه به این موضوع که پایداری دمایی آنزیم در محیطهای حاوی مایعات یونی یک شرط مهم برای استفاده از این محیطها در فرایندهای صنعتی میباشد، پایداری دمایی آنزیم از نظر سینتیکی و ساختاری در 10 نوع مایع یونی با کاتیونها و آنیونهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. نتایج افزایش فعالیت هیدرولازی و پایداری دمایی آنزیم TTL در مایعات یونی نسبت به محیط بافری را نشان میدهد. غلظت بهینه مایعات یونی [CnMIM][Br] در جهت افزایش فعالیت آنزیمی نیز به دست آمد. نتایج نشان داد که آنزیم TTL به ترتیب در غلظت های 3/0، 1 و 3/0 مولار از مایعات یونی [C2MIM][Br]، [C4MIM][Br] و [C6MIM][Br] بهترین فعالیت را داشته است. در حالیکه در مورد مایع یونی [C12MIM][Br] هیچ اثر مثبتی بر فعالیت هیدرولازی آنزیم مشاهده نشد. همچنین مشخص گردید که نوع کاتیون و نوع آنیون مایعات یونی، شدت اثر آنها بر پایداری آنزیم TTL را تحت تأثیر قرار میدهد. نوع آنیون به دلیل اندازه کوچک و چگالی بار بالایی که دارند، اهمیت بیشتری نسبت به نوع کاتیون دارد. در مقایسهای که بین مایعات یونی [C4MIM][PF6] و [C4MIM][Br] در دماهای بالا (°C 85 و °C 90) انجام شد، مایع یونی دارای آنیون PF6– اثر پایدارکننده بیشتری را برای آنزیم TTL ایجاد کرد. پایداری آنزیم در حضور مایعات یونی با طول زنجیره آلکیلی کوتاه و متوسط، مشابه بود. هرچند مایعات یونی با زنجیره کاتیونی طویل اثر منفی بر پایداری ساختار آنزیم میگذارند. همچنین در این پژوهش نشان داده شد با تغییر نوع کاتیون از پایه ایمیدازولیوم به پایه پیریدینیوم تغییر زیادی در میزان پایداری دیده نمی شود. مطالعات ساختاری پایداری دمایی آنزیم پس از حرارتدهی در °C 85، با روش اسپکتروسکوپی فلورسانس نیز انجام شد. مطالعه فلورسانس ذاتی TTL نشان داد که در مایعات یونی با آنیون PF6– ساختار آنزیم تا حد زیادی حفظ می شود؛ به طوری که تفاوت کمی بین شدت نشر فلورسانس قبل و بعد از 1 ساعت حرارتدهی در °C 85 دیده می شود. در مایعات یونی [C4MIM][Br] و [C4MIM][PF6] بعد از 45 دقیقه آنزیم همچنان بیش از 50 % از فعالیت خود را حفظ کرد. این درحالی است که پایداری آنزیم در محیط آبی در دماهای بالاتر از °C 80 کمتر از 15 دقیقه است. با توجه به یافته های پژوهش حاضر، می توان از آنزیم TTL برای کاتالیز فرایندهای زیستی در مایعات یونی و دماهای بالا بهره برد.
کلمات کلیدی: مایعات یونی، لیپاز، ترموانروباکتر ترموهیدروسولفوریکوس ، پایداری دمایی.
فهرست مطالب
عنوان | صفحه |
فصل اول: مقدمه
|
|
1-1- آنزیمها | 2 |
1-2- لیپازها | 3 |
1-2-1- ارتباط ساختار آنزیم لیپاز با عملکرد آن | 5 |
1-3- آنزیمها در محیط آلی | 6 |
1-4- مایعات یونی | 8 |
1-5- بیوکاتالیز در مایعات یونی | 9 |
1-5-1- آنزیمها در مخلوطهای مایع یونی – آب | 10 |
1-5-2- فعالیت آنزیمها در شرایط نسبتا بیآب در مایعات یونی | 11 |
1-5-3- پایداری آنزیمها در مایعات یونی تقریبا بیآب | 13 |
1-5-4- آنزیمها، مایعات یونی، پیوندهای هیدروژنی و فعالیت | 13 |
1-5-5- بیوترانسفورماسیون در محیط مایعات یونی توسط لیپازها و استرازها | 14 |
1-6- بررسی ساختار پروتئین به روش اسپکتروسکوپی فلورسانس | 15 |
فصل دوم: بر پژوهشهای پیشین
|
|
2-1- پیشینه کاربرد مایعات یونی در بیوکاتالیز | 18 |
2-2- اثر مایعات یونی مختلف بر فعالیت و پایداری آنزیم | 19 |
2-3- بررسی ساختار آنزیمها در مایعات یونی | 22 |
اهداف | 23 |
فرضیه | 23 |
فصل سوم: مواد و روشها
|
|
3-1- ابزار | 25 |
عنوان |
صفحه |
3-2- مواد | 26 |
3-2-1- مواد لازم جهت تهیه مایعات یونی | 26 |
3-2-2- مواد لازم جهت تهیه آنزیم لیپاز درون سلولی TTL | 26 |
3-2-2-1- سوش باکتری | 26 |
3-2-2-2- مواد مورد نیاز برای ترانسفورماسیون | 26 |
3-2-2-3- مواد مورد نیاز برای کشت باکتری و استخراج عصاره سلولی | 26 |
3-2-2-4- مواد مورد نیاز برای تخلیص آنزیم لیپاز | 26 |
3-2-2-5- مواد مورد نیاز برای سنجش کمی میزان پروتئین و ژل SDS PAGE | 27 |
3-2-3- مواد مورد نیاز برای سنجش فعالیت آنزیمی لیپاز | 27 |
3-2-4- نرم افزارها | 27 |
3-3- روشها | 28 |
3-3-1- روش تهیه مایعات یونی | 28 |
3-3-1-1- روش تهیه مایعات یونی با آنیون برمید
|
28 |
3-3-1-2- روش تهیه مایعات یونی با آنیون هگزافلوروفسفات | 28 |
3-3-2- روش کشت باکتری و بیان القایی پروتئین نو ترکیب | 29 |
3-3-2-1- محیط کشت باکتری E. coli | 29 |
3-3-2-2- انتقال DNA خارجی به باکتری E.coli | 29 |
3-3-2-2-1- تهیه سلول های مستعد به روش شیمیایی | 29 |
3-3-2-2-2- انتقال پلاسمید به سلول مستعد | 30 |
3-3-2-3- روش تهیه استوک باکتری | 31 |
3-3-2-4- کشت باکتری و القای بیان آنزیم نوترکیب | 31 |
3-3-2-5- بهینه سازی بیان آنزیم نوترکیب | 31 |
3-3-2-5- 1- انتخاب بهترین کلنی از نظر بیان آنزیم TTL | 31 |
3-3-2-5-2- انتخاب بهترین زمان پس از القا | 32 |
3-3-2-6- استخراج عصاره سلولی حاوی لیپاز TTL | 32 |
3-3-3- روش تخلیص آنزیم لیپاز TTL | 33 |
3-3-3-1- روش رسوب دهی دمایی | 33 |
3-3-3-1-1- بهینه سازی رسوب دهی دمایی | 33 |
3-3-3-2- روش تخلیص به کمک ستون کروماتوگرافی | 33 |
3-3-4- روش سنجش کمی پروتئین | 34 |
3-3-4-1- سنجش کمی میزان پروتئین به روش برادفورد | 34 |
3-3-4-2- سنجش کمی میزان پروتئین به روش جذب nm 280 | 34 |
عنوان |
صفحه |
3-3-5- الکتروفورز ژل پلیآکریل آمید با SDS (SDS-PAGE) | 35 |
3-3-5-1- آماده سازی محلولهای الکتروفور | 35 |
3-3-5-2- آماده سازی سیستم الکتروفورز | 36 |
3-3-6- سنجش فعالیت آنزیمی با سوبسترای پارانیتروفنیل پالمیتات | 38 |
3-3-7- روش بررسی فعالیت آنزیمی در حضور غلظت های مختلف از انواع مایعات یونی | 39 |
3-3-8- روش بررسی پایداری دمایی آنزیم TTL در دماهای بالا | 39 |
3-3-9- روش بررسی پایداری آنزیم لیپاز TTL در حضور مایعات یونی مختلف | 39 |
3-3-10- روش بررسی ساختار سوم آنزیم TTL در حضور مایعات یونی | 40 |
فصل چهارم: نتایج
|
|
4-1- بهینه سازی بیان آنزیم نوترکیب | 42 |
4-1-1- انتخاب بهترین کلنی از نظر بیان آنزیم TTL | 43 |
4-1-2- بهینه سازی زمان پس از القا | 43 |
4-2- تخلیص آنزیم لیپاز TTL | 44 |
4-2-1- بهینه سازی تخلیص نسبی به روش رسوب دهی دمایی | 44 |
4-2-2- تخلیص به کمک ستون کروماتوگرافی Q- سفاروز | 45 |
4-3- سنتز مایعات یونی | 47 |
4-4- اثر مایعات یونی بر فعالیت هیدرولازی آنزیم TTL | 47 |
4-5- اثر مایعات یونی بر پایداری دمایی آنزیم TTL | 48 |
4-5-1- پایداری دمایی TTL در عدم حضور مایعات یونی | 48 |
4-5-2- پایداری دمایی آنزیم TTL در حضور مایعات یونی | 49 |
4-5-2-1- بررسی پایداری TTL در [C4MIM][Br] و ] [C4MIM][PF6 در دماهای مختلف | 49 |
4-5-2-2- مقایسه اثر نوع آنیون مایعات یونی بر پایداری دمایی | 51 |
4-5-2-3- مقایسه اثر نوع کاتیون و طولهای مختلف زنجیره کربنی مایعات یونی بر پایداری دمایی آنزیم | 51 |
4-6- بررسی ساختار سوم آنزیم در حضور و عدم حضور مایعات یونی | 54 |
فصل پنجم: بحث
|
|
5-1- اثر مایعات یونی بر فعالیت هیدرولازی آنزیم TTL | 57 |
عنوان |
صفحه |
5-2- اثر مایعات یونی بر پایداری دمایی آنزیم TTL | 59 |
5-3- بررسی ساختار سوم آنزیم در حضور مایعات یونی | 61 |
فصل ششم: نتیجه گیری و پیشنهادات
|
|
6-1- نتیجه گیری | 63 |
6-2- پیشنهادات | 63 |
فهرست منابع | 65 |
چکیده انگلیسی | 75 |
فهرست جدولها
عنوان
|
صفحه
|
جدول1-1- میکروارگانیسمهای تولید کننده لیپاز | 4 |
جدول2-1- آنیونهای متداول در مایعات یونی | 19 |
جدول 3-1- محیط کشت Luria Bertani | 29 |
جدول 3-2- نحوه تهیه محلول TSB | 30 |
جدول 3-3- نحوه تهیه محلول KCM | 31 |
جدول 3-4- نحوه تهیه محلول برادفورد | 34 |
جدول 3-5- نحوه تهیه بافر نمونه 4X | 37 |
جدول 3-6- نحوه تهیه ژل پلی اکریل آمید | 37 |
جدول 3-7- نحوه تهیه مخلوط سنجش فعالیت آنزیم | 38 |
جدول 4-1- فعالیتهای لیپازی عصارههای سلولی کلنیهای 1 تا 6 حاصل از ترانسفورماسیون | 44 |
جدول 4-2- مشخصات مراحل تخلیص TTL. | 46 |
جدول 5-1- غلظتهای بهینه مایعات یونی (CnMIM Br n=2,4,6) و CMC های مربوطه | 58 |
فهرست شکلها
عنوان
|
صفحه
|
شکل 1-1- آنزیم لیپاز ریزوموکور میهی (PDB entry 3TGL) | 6 |
شکل 1-2- آنیونها و کاتیونهای مرسوم در مایعات یونی مورد استفاده در بیوکاتالیز | 9 |
شکل 1-3- آنزیم CALB در حضور مایعات یونی بدون آب | 12 |
شکل2-1- ساختارهای نمونه از کاتیون مایعات یونی معمول در بیوکاتالیز | 18 |
شکل 3-1- سنتز مایعات یونی با آنیون برمید | 28 |
شکل 4-1- وکتور PQE-80L حاوی ژن آنزیم TTL | 42 |
شکل 4-2- بهینه سازی مدت زمان تخلیص به روش رسوب دهی دمایی | 45 |
شکل 4-3- کروماتوگرام ستون Q- سفاروز؛ تخلیص آنزیم TTL | 46 |
شکل 4-4- تصویر ژل SDS-PAGE 5/12 % از مراحل تخلیص آنزیم TTL | 47 |
شکل 4-5- اثر غلظتهای مختلف مایعات یونی بر فعالیت آنزیمی | 48 |
شکل 4-6- نمودار پایداری آنزیم TTL در دماهای بالا در بافر تریس mM 50 | 49 |
شکل4-7- نمودار پایداری TTL در [C4MIM][Br] و [C4MIM][PF6] در دماهای °C 85 و °C90 | 50 |
شکل4-8- نمودار پایداری دمایی TTL در مایعات یونی؛ مقایسه اثر نوع آنیون | 52 |
شکل 4-9- نمودار مقایسه اثر مایعات یونی با طولهای مختلف زنجیره کربنی کاتیون ایمیدازولیوم بر پایداری دمایی آنزیم TTL | 53 |
شکل 4-10- نمودار بررسی اثر نوع کاتیون بر پایداری دمایی آنزیم TTL | 53 |
شکل 4-11- طیف فلورسانس آنزیم TTL در بافر تریس mM 50 پس از حرارتدهی در °C 85 | 54 |
شکل 4-12- طیفهای فلورسانس مربوط به آنزیم TTL انکوبه شده در مایعات یونی ایمیدازولیومی با آنیون PF6 | 55 |
شکل 4-13- طیف فلورسانس آنزیم TTL انکوبه شده در مایع یونی [C4MIM][PF6] | 55 |
مقدمه
1-1- آنزیمها
آنزیم ها کاتالیزورهای زیستی بسیار کارآ هستند که میتوانند سرعت واکنشها را تا 17 برابر افزایش دهند(Agarwal, 2006). بخشی از زیست توده[1] زمین لیپیدها هستند و آنزیم های لیپولیتیک[2] نقش مهمی در حذف این مواد نامحلول در آب را دارند. آنزیم های لیپولیتیک در شکستن و حرکت دادن لیپیدها درون سلولهای یک جاندار و انتقال لیپیدها از یک جاندار به جاندار دیگر نقش دارند (Beisson et al., 2000).
آنزیمها مزایای زیادی در انجام واکنشها دارند که از جمله آنها میتوان اختصاصیت بالای آنها، انجام واکنش در شرایط معتدل، کاهش مواد زائد، تعیین نوع محصول و کاهش محصولات جانبی با انتخاب آنزیم مناسب، کاهش هزینهها و
[دوشنبه 1399-10-01] [ 04:31:00 ب.ظ ]
|