فهرست مطالب

عنوان                                                  شماره صفحه

چکیده.. 1

فصل اول: کلیات تحقیق

مقدمه.. 3

1-1- مورفولوژی روده بزرگ.. 4

1-1-1 سکوم و آپاندیس.. 4

1-1-2 کلون.. 5

1-2- بیماری­های روده بزرگ.. 6

1-2-1 آپاندیسیت.. 6

1-2-2 عفونت­های داخل شکمی.. 7

1-2-3 بواسیر.. 7

1-2-4 سرطان روده بزرگ.. 7

1-3- فلورروده.. 8

1-4- نقش­های مهم فلور طبیعی روده.. 10

1-5- تاثیر آنتی بیوتیک­ها برروی فلور روده.. 12

1-6- علایم خارج شدن توازن باکتری­ های روده.. 13

1-7- پروبیوتیک­ها.. 13

1-8- منافع مصرف پروبیوتیک­ها.. 13

1-9- اشکال پروبیوتیک­ها.. 14

1-10- پری بیوتیک­ها.. 14

1-11- باکتری­ های بی­هوازی احیاکننده سولفات.. 15

1-12- نقش باکتری­ های احیا کننده سولفات در طبیعت.. 15

1-13- نقش باکتری­ های احیا کننده سولفات  در صنعت نفت.. 16

1-14- خوردگی میکروبی.. 16

1-15- واکنش­های احیای ترموشیمیایی سولفات.. 17

1-16-  سیستم­های آلوده به SRB.. 17

1-17- اهداف، فرضیات و پرسش اصلی پژوهش.. 18

1-17-1 اهداف اصلی.. 18

1-17-2 اهداف اختصاصی.. 18

1-17-3 اهداف کاربردی.. 18

1-17-4 فرضیات پژوهش.. 18

1-17-5 پرسش اصلی پژوهش.. 18

فصل دوم: پیشینه پژوهش

2-1- پژوهش­های انجام گرفته در سطح جهان.. 20

2-2- پژوهش­های انجام گرفته در ایران.. 23

فصل سوم: روش شناسی تحقیق

3-1- مواد و روش کار.. 25

3-2- محیط کشت مورد نیاز.. 26

3-3- انتخاب بیماران مورد نظر برای نمونه­برداری.. 26

3-4- ارزیابی تاثیر آنتی بیوتیک ها برروی باکتری­ های  SRB.. 30

3-4-1 آنتی بیوتیک کلیندامایسین.. 30

3-4-2 آنتی بیوتیک جنتامایسین.. 31

3-4-3 آنتی بیوتیک مترونیدازول.. 31

3-5- ارزیابی خواص ضدمیکروبی آنتی بیوتیک­ها بر باکتری­ های SRB مثبت   32

3-6- تعیین هویت مولکولی باکتری­ های SRB مثبت.. 33

3-7- آنالیز آماری.. 33

 

 

فصل چهارم: نتایج یافته های تحقیق

4-1- مقدمه.. 35

4-2- تجزیه و تحلیل نتایج جمعیت شناختی.. 35

4-2-1 جنسیت.. 36

4-2-2 سن.. 37

4-2-3 میزان تحصیلات.. 38

4-2-4 میزان درآمد.. 39

4-3- ارزیابی فرضیات پژوهش.. 40

4-3-1 فرضیه اول.. 40

4-3-2 فرضیه دوم.. 43

4-3-3 فرضیه سوم.. 45

 

4-3-4 فرضیه چهارم.. 47

4-3-5 فرضیه پنجم.. 48

4-3-6 فرضیه ششم.. 50

4-4- نتایج آزمایش  PCR.. 54

.. 54

4-4-2 تأیید PCR ژن16S rRNA.. 55

4-4-3 توالی تعیین ترادف شده قطعه 16S rRNA.. 56

4-4-4 آنالیز فیلوژنتیکی.. 57

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

5-1- بحث.. 63

5-2- نتیجه گیری.. 67

5-3- پیشنهادات.. 67

منابع و مآخذ.. 68

فهرست منابع فارسی.. 68

فهرست منابع انگلیسی.. 70

چکیده انگلیسی.. 73

 

 

 

 

 

 

 

فهرست جداول

عنوان                                                  شماره صفحه

جدول 3-1: پرسشنامه مورد استفاده در این پژوهش. 25

جدول 3-2: ترکیبات محیط کشت API 26

جدول 3-3: خصوصیات بالینی افراد انتخاب شده برای نمونه­برداری   28

جدول 4-1: توزیع فراوانی و افراد بر حسب جنسیت. 36

جدول 4-2: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروه های سنی. 37

جدول 4-3: توزیع فراوانی و در پاسخ دهندگان بر حسب میزان تحصیلات   38

جدول 4-4: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب میزان درآمد   39

جدول 4-5: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروه های سنی و بیماری   40

جدول 4-6: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری. 42

جدول 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری   43

جدول 4-8: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری. 44

جدول 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری   45

جدول 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی­بیوتیک. 47

جدول 4-11: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات   48

جدول 4-12: ضریب همبستگی متغیرهای تحصیلات افراد و بیماری   49

جدول 4-13: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه های سنی وتاثیر آنتی­بیوتیک­ها. 50

جدول 4-14: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی. 51

جدول 4-15: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی جنتامایسین   52

جدول 4-16: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی مترونیدازول   53

 

 

 

 

فهرست نمودارها

عنوان                                                  شماره صفحه

نمودار 4-1: فراوانی و نسبت افراد مورد پژوهش بر حسب جنس   36

نمودار 4-2: توزیع درصد نمونه آماری افراد برحسب سن. 36

نمودار 4-3: فراوانی افراد مورد پژوهش  بر حسب میزان تحصیلات   38

نمودار 4-4: توزیع در صد نمونه آماری افراد  بر حسب میزان درآمد   39

نمودار 4-5: نمودار توافقی سن و بیماری آپاندیسیت. 41

نمودار 4-6: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس آپاندیسیت   41

نمودار 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری   43

نمودار 4-8: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری آپاندیسیت. 46

نمودار 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری عفونت روده. 46

نمودار 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی­بیوتیک. 47

نمودار 4-11:  فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات   48

نمودا 4-12: ارزیابی تاثیر کیفی داروی کلیندامایسین بر باکتری­ های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه­های سنی. 51

نمودار 4-13: ارزیابی تاثیر کیفی داروی جنتامایسین بر باکتری های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه های سنی. 52

نمودار 4-14: ارزیابی تاثیر کیفی داروی مترونیدازول بر باکتری­ های احیا کننده سولفات  جدا شده از گروه­های سنی. 53

 

 

 

فهرست شکل ها

عنوان                                                  شماره صفحه

شکل 1-1: آپاندیس ملتهب و متورم (آپاندیسیت).. 6

شکل 1-2: فلور طبیعی روده.. 10

شکل 3-1: مرحله جداکردن زائده آپاندیس.. 27

شکل 3-2: تلقیح باکتری­ های SRB)) به محیط مایع API. 30

شکل 3-3: تاثیر آنتی بیوتیک­ها بر رشد باکتری های SRB.. 32

شکل 4-1: تصویر الکتروفورز حاصل از DNA استخراج شده از باکتری.   54

شکل 4-2: تصویر الکتروفورز حاصل از تکثیر ژن 16S rRNA باکتری.   55

 

 

 

 چکیده

باکتری­ های احیا کننده سولفات (SRB) گروه بزرگی از میکروارگانیسم­های بی­هوازی هستند که نقش بسیار مهمی در بسیاری از فرایندهای بیوژئوشیمیایی ایفا می­ کنند. این پژوهش با هدف شناسایی وتعیین هویت مولکولی باکتری­ های احیا کننده سولفات و نقش آن­ها در عفونت­های روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان انجام شد. روش کار: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی در سال 1391 تا 1392 بر روی 50 بیمار مراجعه کننده به بیمارستان­های مختلف شهر کرمان انجام شد. تمامی افراد مورد بررسی دارای مشکلات عفونت روده بزرگ ویا آپاندیسیت بودند. در بین این افراد نمونه گیری از حفره شکم و روده ی بزرگ انجام شد. سپس نمونه­های تهیه شده به محیط کشت اختصاصی API تلقیح و 2 ماه در دمای 35 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. سپس نمونه­های مثبت پس از کشت مجدد در محیط جامد اختصاصیSRB ، برای خالص سازی بیشتر به محیط جدید API  منتقل گردید. شناسایی مولکولی جدایه ها با بهره گرفتن از پرایمر یونیورسال  16s rRNA و مقاومت آنتی بیوتیکی صورت گرفت. از مجموع نمونه­های مورد پژوهش از6 مورد (12%) نمونه­های مشکوک به SRB جداسازی گردید. اما با روش مولکولی در4 مورد (8%) باکتری های احیا کننده سولفات شناسایی شد. بیشترین گونه ی باکتری­ های (SRB) مربوط به سویه Desulfovibrio piger بود. همچنین بین جداسازی باکتری­ های SRB، سن و میزان تحصیلات افراد ارتباط معنی­داری مشاهده شد مناسب­ترین آنتی­بیوتیک برای حذف باکتری­ های SRB کلیندامایسین شناسایی شد. با توجه به نقش احتمالی باکتری­ های SRB در  ایجاد سرطان کلون و عفونت­های روده­ای، ضرورت انجام پژوهش­های تکمیلی و پایش مداوم بالینی در جمعیت­های گسترده تر و ارزیابی نقش بیوسایدها وآنتی­بیوتیک­ها در حذف این باکتری­ ها وجود دارد.

 

واژگان کلیدی: باکتری­ های احیا کننده سولفات، عفونت­های روده بزرگ، 16s rRNA

مقدمه

باکتری­ های احیا کننده سولفات SRB به طور وسیعی در اقیانوس، آب­های شیرین، لجن­ها پراکنده­اند. این باکتری­ ها از سولفات به عنوان پذیرنده نهایی الکترون استفاده و سولفید هیدروژن تولید می­نمایند. تا اکنون 14 جنس از این گروه باکتری­ ها شناخته شده که به جز دسولفونما ویبرو تمامی آن­ها گرم منفی می­باشند. یک جنس از این باکتری­ ها به نام دسولفوویبرو می ­تواند در هنگام تکثیر فعال خود بیش از 10 گرم در لیتر سولفید هیدروژن تولید نماید (آبیارد 1382، 12-11؛ ;Geneva 2001, 157 Collette 1999, 198 ).

باکتری­ های SRB نقش مهمی را در شروع التهاب یا التهاب­های دائمی از قبیل بیماری­های دندان[1] ایفا     می­ کنند (;Langendijk 2000, 943-950 loubinoux et al 2003, 1304-1306 ). Desulphovibrio spp از آبسه­های شکمی و آبسه­های مغزی و همچنین از خون و ادرار نیز جدا شده ­اند (Collette 1999, 198). باکتری­ های SRB انرژی مورد نیاز خود را از احیای سولفات بدست می­آورند این باکتری­ ها به دلیل تولیدH2s  که بجز ترکیبات سیتوتونیک[2] مهم است و یک عامل خورنده[3] می­باشد (Barton 2007, 1-523) و در مجاری دستگاه گوارش (دهان و روده) انسان و حیوانات وجود دارند. یکی از آرکی متانوژنیک (متانوژن) به نام متانو بروی باکتراسمیتی[4] در عفونت­های انسانی یافت شده است (Worden and Smelly 1996, 157-171 ) مهم ترین باکتری­ های احیاکننده سولفات شناسایی شده در فلور روده عبارتند از:

دسولفوتوماکولوم[5]، دسولفوویبریو[6]، دسولفوبولبوس[7]، دسولفوفیرفیلدنیس[8]، دسولفوویبریوپیگر[9] (Goldstein 2003, 2752-2754؛ La Scola and Raoult 1999, 3076-3077 ، Susceptibilities of  23 Desulfovibrio Isolates from Humans, 5308–5311 ).

براساس مطالعات Birvin در سال 2001 در کشور کانادا شیوع مشکلات گوارشی همراه با درد 6% گزارش کرد و در سال 2003 Ehlin و در سال 2004 Wilson در انگلستان شیوع عفونت را به ترتیب 2/8 درصد و 5/10 درصد گزارش کردند که از سال 1970 تا 2004 به طرز چشمگیری افزایش پیدا کرده است. Hugin در سال 2005 و Boivin در سال 2001 در ایالات متحده امریکا عفونت روده در بین دانش آموزان و در محدوده سنی بین 16 تا 30 سال در مردان 65 درصد و در زنان 44 درصد گزارش کردند.

در سال 1992، John، Boseph و همکاران ثابت کردند که منوباکتام­ها (آزترونام) یا آمینوگلیکوزیدها به همراه کلیندامایسین یا مترونیدازول در کاهش (Intra abdominal infections) موثر می­باشند (Yoshiota et al 1991, 11-17 ).

آنتی­بیوتیک کلیندامایسین از دسته داروهای پادباکتری با نیمه عمر 2 تا 3 ساعت مانع از بیوسنتزپروتئین توسط باکتری می­ شود که در درمان پریتونیت، عفونت­های داخل شکمی و همچنین عفونت­های استافیلوکوکی مصرف می­ شود. مترونیدازول یکی از داروهای نیتروایمیدازول اثر کشندگی بر باکتری­ های  بی­هوازی و پروتوزوآها دارد از این رو در درمان بیماری­های التهابی، کولیت پسودو ممبراند و عفونت­های ژیادریایی مصرف می­ شود (منصور 1390، 36-35؛ گوهرخانی 1374، 27؛ سیمون 1368، 18-17).

هدف از این پژوهش، ارزیابی نفش باکتری­ های احیا کننده سولفات در ایجاد عفونت­های روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان می باشد.